一、采用微波杀菌可在很短的时间内对食品的内部进行杀菌。在微电厂内，构成微生物的各种高分子极性基因和可动性基团被激烈的计划与振动，是蛋白质及核酸等产生变异。这与传统的加热效应是不同的。应用微波辐射技术能在较低温度下把微生物杀死，微波处理谷物、食品工艺在60~70℃就能起到杀虫、灭菌的作用。
二、灭菌效果好。只要按规定条件操作，每克含菌量数十万的中药材经过微波灭菌后，杂菌可控制在5000个/g以内，霉菌控制在50个/g以内。用微波工艺处理的中药材生产成中药，可完全达到国家卫生标准。
三、作用温度60~80℃，作用时间数分钟。因此被被加工的食品成品、原料、中药材的内在外观质量及中药材的的色味、药效均不受太大影响。
四、操作安全方便，可改善劳动条件，减轻劳动长度。与钴60灭菌相比，微波灭菌没有污染和污染残留物，操作也很安全，成本降低30多倍。
五、微波还可以用来灭菌包装，控制霉菌生长。因为大部分包装物对微波是透明的，可以对包装后的食品进行微波加热灭菌处理。
